憲法法庭於111年4月26日上午9時，就健保資料庫案（會台字第13769號）行言詞辯論。爭點題綱特別聚焦於個人資料保護法（下稱個資法）第6條第1項第4款（下稱系爭規定一）、個資法第16條第5款之規定（下稱系爭規定二）之合憲性。
憲法法庭通知聲請人蔡季勳等人（下稱聲請人等）出席，並指定關係機關衛生福利部（下稱衛福部）、衛福部中央健康保險署（下稱健保署）、國家發展委員會（下稱國發會）到庭辯論；及指定鑑定機關監察院國家人權委員會（下稱人權會）、專家學者李寧修教授、劉定基教授、劉靜怡教授、范姜真媺教授到庭提供專業意見。
聲請人方面，聲請人邱伊翎、滕西華及訴訟代理人（下稱代理人）邱文聰研究員、涂予尹助理教授、翁國彥律師；關係機關衛福部代表薛瑞元政務次長、代理人蕭維德律師，關係機關健保署代表李伯璋署長、代理人蔡順雄律師、李崇僖教授，關係機關國發會代表高仙桂副主任委員、代理人洪偉勝律師、葉奇鑫律師均到庭陳述意見。
聲請人等主張本案核心問題在於系爭規定侵害憲法保障人格自由發展核心之「資訊隱私權」，應採嚴格審查基準；以組織法大規模地蒐集、處理、利用個資，卻未設行為法以節制國家權力行使，違反法律保留原則；強制提供目的外各種學術研究利用且當事人事後控制權（下稱退出權）遭過度限制，均違反比例原則。歐盟一般資料保護規範（下稱GDPR），因個資蒐集、利用規模大小有不同規範，且非為科學研究且具必要性即可強制蒐集、利用。目前健保資料之規範模式與此也有所不同。
關係機關衛福部主張健保資料係多元組成，且如允許個人無條件、任意地退出，健保資料庫將因資料偏差而難以完成精準醫療與公共衛生，恐造成研究治療方式及預防疾病發生等公共利益受到影響，本案爭議應留給立法機關調和處理。
關係機關健保署主張公務機關以組織法作為個資法中法定職務之認定依據，並未違反法律保留原則；衛福部、健保署就全民健保資料之利用並無違反憲法上之比例原則，若任由當事人行使退出權刪除個人資料，除使退出資料利用者得不付成本而得坐享研究成果利益，發生搭便車之疑慮外，恐發生連鎖效應，在大數據分析上因資料偏差而產生偏見，或因樣本不足或不具統計數據之代表性，顯著影響研究。
關係機關國發會主張個資法作為規範所有個資保護及利用之基礎規範，不可能鉅細靡遺地規範；個資保護及利用特性，隨著時代、科技演進而快速變動，應容許有不確定法律概念之運用，本案應妥為運用合憲性解釋方法。個資法已賦予當事人事後退出權，其規範密度上與GDPR及其他國家相當。
專家學者李寧修教授說明系爭規定係經立法者權衡個人資訊隱私權及統計、學術研究所帶來預防、治療疾病或擬定國家健康政策之重大公益目的後，所訂定之合理利用方式，屬一般性學術研究條款，於比較法上並非罕見。但依全民健康保險法(下稱健保法)第79條第2項後段，將相關健保資料之保存、利用以個資法為依據，已超出個資法作為基本規範承載之範疇，導致實際操作上必須大量仰仗人體研究法、衛福資料管理要點及健保資訊服務中心作業要點等規範加以強化，法律保留層級不足，國家仍應透過組織及程序上必要之防護措施確保資訊隱私權。
專家學者劉定基教授指出本案審查客體應擴張至健保法第79條第2項、衛生福利資料應用管理要點、申請案件審查作業原則及使用作業須知等重要關聯之規範。個資法、健保法及上開三項行政規則，採強制納保/蒐集、強制目的外利用，構成人民資訊隱私權的雙重限制；對於高度敏感之醫療紀錄，以大規模、雙重強制性、長期性、持續性之蒐集，應採嚴格審查基準，或至少採中度審查基準。又健保法第79條第2項並未規定或明確授權健保資料之蒐集、利用目的及重要程序事項，僅為轉介規定，其餘重要關聯規範係行政規則，不符法律保留原則。況系爭規定完全剝奪個人事前、事後之資訊自主決定權，及欠缺事前風險評估、控制、對外公告、徵詢意見或有獨立性機關參與決定、監督等程序，亦違反比例原則及正當法律程序。
專家學者劉靜怡教授亦認為本案應擴張審查客體，並表示應參考憲法法庭111年憲判字第1號判決意旨，採嚴格審查基準，至少不能低於中度審查標準。行政機關非基於當事人同意或基於保護當事人、他人重要利益之外原因而強制蒐集、處理、利用個資時，需有明確之行為法依據，僅以規範行政機關內部組織規程之組織法、現行個資法、健保法為依據，違反法律保留原則。又系爭規定未再取得個資當事人同意，亦不准當事人退出「強制、大規模、長期持續蒐集、處理、利用特種個資」，屬資訊自主權之高度限制，解釋上難以符合法律明確性原則。於比例原則之分析上，目的具正當性不等同學術研究有優先價值，學術研究不能作為完全限制資訊隱私權之唯一理由，必要性審查上需考量本案係大規模蒐集、處理及利用個資，立法者欠缺針對各種不同類型制定更細緻之規定及當事人拒絕權（退出權），系爭規定與相關法規範明顯違憲。
專家學者范姜真媺教授認為本案個人醫療資料具高度敏感性、共用性及公益性，但相對地應有充分之保障。系爭規定所謂去識別化之個資，解釋上仍留存高度被還原而識別出特定個人之危險性，且判斷基準不明確，致行政機關、學術研究機構適用上造成違法之風險，違反法律明確性原則，又本案當事人於其被蒐集、處理及利用之個資有錯誤、不完全或遭違法利用時，因其自始未受到告知，當然不知向何人主張個資法第3條之請求停止利用、刪除等權利，又因個資法第9條第2項第4款有免告知之規定，很可能造成根本沒有去識別化之個資便在機關與機關間流通及目的外使用，制度設計上違反透明化原則，剝奪當事人參與權也欠缺任何監督機制。
人權會代表王幼玲委員表示國民健康與個人隱私並非全有全無之零和賽局，個人健康資料攸關醫師診斷正確性及疾病防治，相較其他隱私更具敏感性，當代公衛之進步，高度仰賴健康個資之蒐集、處理與利用，且統計及研究結果對國民健康有重要價值，但即便是追求公益，仍應尊重當事人對個資保護之實質權利，並提供適當且具體之保護措施。健保資料庫目前之法制設計，法律授權不夠明確、去識別化要求不夠清楚、相關資訊安全與資料是否符合執行法定職務之最小必要原則，均缺乏足夠之檢驗機制，縱行政機關以相關命令降低隱私外洩之風險，但法制架構不足、隱私保障有限之情形，完全禁止個資當事人享有退出權，違反比例原則。
楊惠欽、謝銘洋、蔡宗珍、詹森林、黃虹霞大法官及審判長許宗力大法官均分別針對聲請人等、關係機關及專家學者劉靜怡教授提問。包括：健保資料庫之個資是否均屬於個資法第6條所指之特種個資或有其他非特種個資？系爭規定一要求「經過提供者處理後或經蒐集者依其揭露方式」，為何規範上係採取「或」之立法方式？衛福部是否係提供者或蒐集資料者？目前衛福部、健保署在組織、程序上有無符合正當法律程序之規範？有條件地行使退出權是否可行？目前實務上是否容許無需全部匿名、有代碼即可符合去識別化之要求？健保署將取得之醫療資料匯入衛生福利資料科學中心時，相關檔案建置模式為何？關係機關是否同意個資具體蒐集、處理及利用，原則上均需有作用法之特別法律規範為據？個資法第6條第1項第1款至第6款之例外規定中，衛福部、健保署各自引用何款規定？系爭規定一允許蒐集、處理及利用機敏資料之判斷時點為何？及該判斷指標應由何機制處理？關係機關主張允許行使退出權恐造成醫療、公衛風險，有無相關事實或數據證明？行使退出權後是否存在不付成本而得坐享他人之利的情形？若系爭規定一、二限制不得於目的外利用是否可行？系爭規定得否於符合迫切之正當利益範圍內合憲？實務上是否存在將未去識別化個資提供予學術研究者，再由學術研究者去識別化之情形？提供學術研究之個資如何區別係規模大小？若人民無就醫義務、無提供個資予學術研究之義務，是否應給予其退出權？是否存在必須知道所有人為何者，始能得出研究成果之醫學研究？等問題。聲請人等之訴訟代理人邱文聰研究員、衛福部之代理人蕭維德律師、健保署之代理人蔡順雄律師、李崇僖教授、國發會之代理人洪偉勝律師、葉奇鑫律師等，則分別回應。
言詞辯論歷時約3小時左右，審判長許大法官宗力宣示言詞辯論終結，本案於言詞辯論終結後三個月內宣示判決；必要時，得延長二個月。